Познанието как функционира вирусът е важно, тъй като поради структурата си той може да остане скрит за дълго време, което води до повторна поява или персистиране на инфекцията.
HPV е вирус без капсула, която би го направила откриваем за имунната система, отговорна за защитата ни срещу всеки чужд агент.
Това, което вирусът прави, за да остане активен в нашия организъм, е да влезе вътре в собствените ни клетки. Той копира генетичния си материал в клетките и след това образува зрели вириони. Тези вириони, дори ако имат способността да инфектират повърхностните клетки, първоначално и с напредването на инфекцията преминават към по-дълбоките слоеве.
По този начин се трансформират клетките, всеки път по-различни една от друга и след дълго време може да се развие рак.
Следователно папилома вирусът се нуждае от специални тъкани, за да копира генетичния си материал, оттук и афинитета на вируса към тъканите, които са често променящи се и съзряващи.
Следователно, шийката на матката, вагината и половите органи имат по-голямо предразположение към инфекцията.
HPV е малък вирус с размери от 60 до 55 нанометра, без обвивка и с 20-гонална структура, съставена от протеини, обграждащи генетичния материал на вируса.
Генетичният материал на вируса се състои от двойна кръгла верига от дезоксирибонуклеинова киселина (ДНК). Участъците на генетичния материал, който кодира протеините, са разположени в една от двете нишки на ДНК и се наричат Отворени Четящи Рамки (Open Reading Frames – ORF).